Hola lo que podrias hacer es bootar con algun Linux que tenga arranque (la mayoria lo son ej RH9 o Connectiva) ; y a la hroa de hacer las particiones elimina la de Windows y reinicia la maquina con un disco de arranque de linux, edita el /etc/lilo.conf y deja al linux solo de arranque el linux que tenes instalado, y luego solo t quedaria instalar nuevamente el windows en el espacio que te quede libre.
Espero que me hayas entendido...
Saludos...