GNU/Linux probablemente sera el ganador ya que es Unix
Unix es muy diferente de linux en todo sentido no solo en el nucleo sino en calidad de codigo, seguridad etc.
Windows tambien es muy bueno tan solo mira cunato programas y aplicaciones tiene.
Como jugete los mejores OS en este orden son Windows$ y BeOS/Zeta
En toda mi larga experiencia he visto que linux es un fiasco... muchos dicen que es bueno porque es UNIX pero estan muy equivocados pues no tienen mucho en comun fuera de algunos llamados derivados de POSIX.
Windows fue un fracaso antes de Windows 2000 pero eso ya es historia, no conozco la primera aplicacion comercial sea gratuita o pagada que sea mejor en linux que en windows.
Para todos los que dicen que linux es muy rápido deberian por una sola vez hacer pruebas serias y no continuar repitiendo lo que dicen en otras paginas...
sino porque no hay un juego como HALO2 para linux?
O por otro lado como se puede explicar que la instalacion de Oracle wn un servidor con windows 2003 advanced server dure unos minutos y quede funcionando a las m,il maravillas y sin problemas... mientras que la instalacion de la misma base de datos en Linux pueda tardar varios dias o meses y tarde verdaderamente muuucho tiempo en ser estable?
O como se puede decir que linux es mas seguro?
Sistemas como windows Mac OS son atacados que porque son muy inseguros... pero si un hacker logra violar la seguridad de un sistema que no es de codigo abierto y que tiene control absoluto de todos los modulos... que cosas más no podrá hacer con un sistema como linux que es de codigo abierto y te permite explorar todas sus debiidades y que por años le han metido manomiles de personas y que realmente ninguna se hace responsable se los cambios?
Inux es muy bueno, eso si no lo pongo en duda y es un sistema con mucho merito por muchas cosas como romper con el monopolio ser economico y ofrecer alternativas, pero es muy osado decir que es mejor que otros sistemas y que el resto son de juguete...
Realmente de las personas y de empresas que conozco que trabajan en el ambitto profesional ...
la gran mayoria prefiere los productos de microsoft y si este es muy 'bebe' para lo que necesitan siempre recurren a sistemas mas robustos como AIX HPUX o demas sistemas realmente derivados de UNIX, que son pagados y no de codigo abierto.
en tanto la mayoria de las personas que defienden linux a capa y espada son solo fanáticos que en la mayoria de los casos nunca han implantado un sistema a nivel empresarial y muchisimo menos tienen conocimiento de los demas sistemas como para emitir un juicio razonable.
En mi caso he trabajado, y trabajo desarrollando soluciones de sw para ambos sistemas en lenguajes como C y java y tanto yo como mis colegas todo lo que se debe hacer en java para linux preferimos desarrollarlo bajo windows pues es mas comodo y el sistema rinde mas que el linux.
Antes trabajaba en el area de soporte y tuve mis epocas que nisiquiera usaba windows y tenia hasta tres versiones de linux instaladas en la casa y me parecia que windows era malo... pero el tiempo y la experiencia me hicieron madurar y ya no tengo nisiquiera nu linux en mi casa pues inproductivo comparado con otros sistemas.
contrario a lo que muchos piensan la fiebre de linux ya se esta acabando y muchas entidades estatales que habian migrado a ese sistema ya estan cambiandolo nuevamente por otras tecnologias, generalmente microsoft, pues es mucho mas costoso capacitar a la gente para usar linux que para usar windows, y cosas tan simples como una impresion , el montaje de una base de datos, de nua plicativo multimedia o de configurar un servidor de dominio... en linux puede ser nua pesadilla y algunas cosas podrian durar semanas... en windows seria cuestio de unos pocos click.
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... la unidad es donde metes los disketes. 
