Amigo es cuando quieres hacer una app normal este usa el J2SE la version estandar de aplicaciones java, y cuando creas una aplicacion web este te pide que indiques con que servidor de aplicaciones vas a trabajar, puesto que el servidor de aplicaciones ejemplo el TOMCAT vienen con el J2EE una version mas avanzada del del J2SE la cual tiene la libreria javax.servlet, si queres usar el javax.servlet te recomiendo que agreges la siguiente libreria a tu proyecto
bueno esta debe estar en la ruta de instalacion del TOMCAT
servlet-api.jar que esta en el directorio
Tomcatlibespero haberte ayudado