Yo he tenido el mismo problema y despues de probar 1000 variantes he concluido que no se puede ejecutar una aplicacion desde un html.
No obstante, se puede lograr si publicas tu proyecto como un proyecto de windows (.exe). Luego, en un editor de texto (Puede ser el bloc de notas) creas un archivo con el siguiente código:
@start "tu aplicación.exe"
y guardas dicho archivo con la extención ".bat"
Creas tantos archivos.bat como aplicaciones necesites ejecutar.
Luego colocas tanto los archivos .bat como las aplicaciones que deseas iniciar en una carpeta llamada fscommand al mismo nivel de tu .exe.
Luego coloca el siguiente codigo en el boton que abrirá la aplicación:
on(release){
fscommand("exec","tu_archivo.bat")
}
=mente, no creo que esto solucione tu problema, a no ser que se pueda meter un .exe de flash en un html, cosa que desconosco.
Un saludo y suerte