Que tal, bienvenida...bueno tiene un buen rato que no programo nada en java, pero en vb.net lo que yo he hecho es tener ese dato como cadena de texto, luego usando la función replace (supongo que en java debe haber algo para las cadenas de texto) reemplazo ese punto con nada, algo así:
Dim str As String = "1.000.000"
Dim numero As Long
Try
numero = str.Replace(".", "")
Catch exp As Exception
numero = 0
End Try
msgbox(numero)
Ahora solo adapta este código a java