que tal vero190. por donde lo mires es un ejercicio para practicar logica,
por lo que estas buscando es el algoritmo.
toma la idea por ejemplo.
dado que la matriz es M X N y como estas empezando en java es 80% probable que el programa sea en consola. estas haciendo un bufferreader o usando scanner para leer el teclado. asi que primero deberias estar leyendo los valores de M y N
algo como
columna = in.readLine(); --seria la variable para tu columna
y luego lo mismo con las filas y puff listo ya tienes M y N
si tienes que M = 3 y N = 3
solo necesitas usar el recorrido de un for o un while para in recorriendo lo valores 1,1 1,2 1,3 2,1....hasta 3,3 para ir ingresando los valores.
ya que tienes los valores llenos ejemplo
para saber el mayor y menor es usar el mismo recorrido que usaste para ingresar los datos y preguntar al valor actual si es mayor o menor que el anterior hasta el ultimo.
si ya resolviste el ejercicio, espero el post te sirva de ayuda...sino tambien