Gracias por tu respuesta, el archivo generado se lo paso a otro proceso, lo que habia pensado era leerlo en binario y volverlo a escribir sin esos caracteres, pero encontre la solucion
Cuando instancio el stream no debo especificar el encoding, por default es UTF-8, si lo especifico guarda esos tres caracteres, pero si no, no lo hace... les comento por si a alguien le sirve..