tengo una solucion es un poco chapucilla pero funciona.
en el codigo vb.net poner
Private Sub Form1_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
'en este caso es a pero se puede llamar como sea
Shell("c:a.bat", AppWinStyle.MaximizedFocus, True)
End Sub
dentro del a.bat ponemos la instruccion para ejecutar el scrip loquesea.sql, con la siguiente linea
rem:poner la ruta compelta donde esta el exe mysql y la ruta donde este el fichero sql
d:xamppmysqlbinmysql -u root < d:xamppmysqlbinloquesea.sql
Y dentro de el fichero loquesea.sql ponemos el conjunto de instrucciones a ejecutar ( en este caso crear una base de datos)
/****** SI EXISTE LA BASE DE DATOS LA BORRA ******/
DROP DATABASE IF EXISTS biblioteca;
CREATE DATABASE biblioteca;
USE biblioteca;
/****** SI EXISTE LA TABLA LA BORRA ******/
DROP TABLE IF EXISTS libro;
CREATE TABLE libro (
titulo VARCHAR(60),
escritor VARCHAR (80)
);
Asi seguro que funciona, es como lo hago yo.