Doctrine mapea las tablas de la base de datos como objetos, es decir, si tienes una tabla llamada usuario_sistema, se creará una clase UsuarioSistema, y otra clase llamada UsuarioSistemaTable. Con la primera, accedes a los valores de un registro de la tabla, con la otra puedes consultar y crear objetos del tipo UsuarioSistema (al menos así funciona en Symfony):
// Consulta un registro de la tabla usuario_sistema
$obj_usuario_sistema = Doctrine::getTable('UsuarioSistema')->find($id_usuario);
// Obtiene el campo "nombre_usuario" del registro obtenido (columna nombre_usuario)
$obj_usuario_sistema->getNombreUsuario();
Consulta la
documentación de Doctrine para más información.