En primera te falta la arroba ( @VAR) al usar la variable en el case, ademas de que los parentesis estan mal aplicados
Sintaxis Insert
INSERT INTO tabla (campo ) VALUES (campo)
El case se resuelve dentro de los parentesis del Insert, para que lo envie como VALUE, prueba de esta manera.
SELECT @VAR=COUNT ( id_estud ) FROM temp WHERE id_estud = 'MargBorr';
INSERT INTO tempo(Obligatorias) VALUES (CASE WHEN @VAR=1 THEN 'OK!' ELSE 'Pendiente' END)