SoloCodigo

tienes una carpeta Paquetes de Fuentes donde vas poniendo tus .java y una carpeta Bibliotecas donde pones los jar que vayas a usar.

en esa carpeta debes meter tu jar de skins substance.

luego en netbeans debes configurar los jars que va a usar tu aplicacion y seleccionar el substance, aparte de invocarlo desde tu .java principal.

como configurar el jar?
Pinchas con el boton derecho sobre el nombre de tu proyecto cargado en netbeans, seleccionas Propiedades y en la ventana que te salga, en el menu de la izquierda, seleccionas Bibliotecas.
Desde ahi ya puedes añadir bibliotecas (yo se como se hace en eclipse, pero no en netbeans, asi que no se si es Añadir biblioteca o Añadir JAR/Carpeta aunque supongo que sera mas bien la segunda opcion)

y eso es todo, amigos (o al menos eso creo)

luego tienes que distribuirlo como tu jar mas un directorio lib con las librerias que use tu aplicacion.

si ya te quieres meter a hacer cosas mas avanzadas, puedes usar cosas como el launch4j que te mete toda tu aplicacion en un .exe

pero necesitas que los jar de tu aplicacion vayan "al aire" para poderlos ejecutar de alguna forma.

con esto quiero decir que:
distribuyelo en un zip, en un rar o en lo que te de la gana, pero luego hay que extraerlo todo a una carpetita y ejecutar el jar de tu aplicacion desde msdos o con doble click si es autoejecutable.

sinceramente...ni idea

solo lo he usado un par de veces y no es algo en lo que me fijara, asi que bueno...prueba y deja aqui la contestacion luego