depende de lo que vayas a hacer con ella, desde Derby hasta HSQLDB pasando por MySQL u Oracle...
por ejemplo, si vas a hacer algo:
- pequeñisimo, lo mismo no necesitas ni BD y te vale con un fichero csv (comma separated values)
- pequeñito, quizas con Access te baste y sobre
- medianamente interesante, dado que mysql ahora es de pago, las mejores soluciones son Derby y HSQLDB, que son libres y para aplicaciones de tamaño medio
- gigante, mejor tira de oracle, sqlserver o mysql
yo siempre que puedo uso HSQLDB. es rapida, libre y tiene varias formas de uso: cliente-servidor, de lectura y en memoria.