¿Te estás refiriendo a ventanas del navegador (Internet Explorer, Firefox...)? En tal caso, no se puede, y aunque se pudiera, sería una mala práctica porque un script no es quién para bloquear el navegador. Eso se llamaría malware.
Si está refiriéndote a las ventanas del Windows, en plan un programa de seguridad, has equivocado el foro.
Salud