Yo lo haria de la siguiente manera:
1. Leer cada linea del archivo de texto con fgets()
2. Separar cada linea leida, utilizando strcpy o strtok para separar la linea en los datos que quieres.
3. Guardar todos los registros utilizando fputs() o fprintf(), poniendo ademas los separadores necesarios, en un nuevo archivo.
4. Borrar el archivo anterior.
5. Cambiar el nombre del nuevo archivo, de tal manera que tenga el nombre del archivo anterior.
Creo que con eso ya tienes una base para trabajar y saber que hacer.
Saludos
