Crea una tablita de configuracion en tu BD que tenga un campo texto llamado color. ahi pon el color en hexadecimal. a la par con esto puedes tener un formulario que se llame configuracion de color que te muestre el showcolor del componente
commondialog y ahi escoger el color y guardarlo en la bd.
Cuando inicies tu aplicacion lees tu campo Color en una variable y le dices que el form.backcolor sea = al valor de esa variable. asi puedes cambiar de color en formulario en tiempo de ejecucion y cuando cierres y abras tu proyecto los cambios seguiran iguales. Tambien puedes aplicar el mismo concepto si sabes como leer y guardar archivos INI desde VB.
espero haber ayudado.
Recuerdos.
Ab.