Ni lo vas a encontrar, me temo. Lo que pides es que te enseñen a desarrollar sistemas y eso, mi amigo, lo puedes hacer estudiando 4 años en la universidad. Pero por supuesto, puedes tomar el "atajo" de aprender "a los ponchazos".
Sobre tu dilema de copiar un archivo mil veces o no copiar, pues no lo copies, usa parámetros. Si por ejemplo el archivo a.php va a ser usado por todos los usuarios pero realiza operaciones para cada usuario individual, pásale el usuario con el que debe trabajar por parámetro: a.php?user=pepito
Pero por supuesto, antes de comenzar con nada de eso tienes que diseñar la base de datos, ah, pero antes de diseñar la base de datos tienes que identificar las entidades del sistema y sus relaciones, pero antes de eso tienes que analizar el sistema según el ambiente donde se implementará...
Como ves, no es "moco de pavo". En definitiva, copiar o no copiar un archivo es el menor de tus problemas...
