La solución a tu problema está en usar la función
ShellExecute de la API de Windows.
Un ejemplo para ejecutar un programa:
ShellExecute(NULL, "open", "c:rutaprograma.exe", "parametro1 parametro2 ...", "c:ruta o NULL", SW_SHOWNORMAL)Para más información consulta la ayuda de esta función en el MSDN para ver los parámetros y sus posibilidades.
Es un comando muy completo que no sólo ejecuta programas, sino cualquier tipo de ficheros (si no son ejecutables los abre con su programa asociado), directorios, etc.
Espero que te sirva. Saludos