Guarda las variables de configuración asignadas en la instalación en el REGEDIT, cuando creas el instalador, puedes crear llaves en el registro, mas no se si puedes editarlas desde el instalador. Lo otro que puedes hacer, es que lo configure una vez iniciado el programa por primera vez.
Crear un form que trabaje solo cuando no encuentra valores en REGEDIT, y para ello puedes usar excepciones.
Para usar las funciones asociadas al Registro de Windows:
Para crear un valor en el Registro :
RegistryKey configuracion = Registry.LocalMachine.CreateSubKey(@"Software\Nombre de Programa\");
configuracion.SetValue("Nombre llave", 0);
Para recuperar el valor :
RegistryKey registro = Registry.LocalMachine;
registro = registro.OpenSubKey(@"SOFTWARE\Nombre de Programa\");
Object obj1 = registro.GetValue("Nombre llave");
variable = Convert.ToInt32(obj1);//Cuando es int
variable = obj1.ToString(); //Cuando es String
Espero te sirva.