Bien, el caso que se dese hacerlo manual se puede ponerlo todo directamente en rc.local o por seperado y luego ponerlo a ejecutar (por medio de rc.d).
Dependiendo de la distro, se puede crear un scipt (rc.firewall, por decir algo) e iniciarlo por medio de estro script (como rc.network en Arch y algunos Debians).
Tambien se puede usar porgramsa que hacen eso por uno (ver freshmeat.net)