Me ocurre lo mismo con una red Lantasti, de Artisoft. Pero eso no me crea mayor problema que el estético: el sistema reconoce bien los ficheros con nombre corto (de MS-DOS), salvo que trabajes con un sistema que repudie al DOS... (Win-2000, por ejemplo)
Con esta Function puedes convertir un nombre largo a nombre corto por si te fuera indispensable trabajar con los dos ficheros con nombre corto; lo que no sé es si hay otra para convertir el nombre corto en largo...
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Public Declare Function GetShortPathName Lib "kernel32" Alias "GetShortPathNameA" (ByVal lpszLongPath As String, ByVal lpszShortPath As String, ByVal cchBuffer As Long) As Long
Dim sBuf As String * 260
Dim i As Long
Dim cPathDat as String
cPathDat = "Nombre largo del fichero, con ruta incluida"
i = GetShortPathName(cPathDat, sBuf, Len(sBuf))
cPathDat = Left$(sBuf, i) ' Te ha devuelto el nombre corto
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Saludos.