Buenas...
Veamos:
Un .jar es un 'ejecutable' en Java, como bien te han dicho.
Pero, como sabrás, a diferencia con el C, donde sólo puede haber un método main definido, en Java puede haber uno por cada archivo de clase, por lo tanto, tienes que decirle a los programas que ejecutan código cuál es el main que quieres correr, de todos los que haya.
En un archivo .jar, existe un archivo, dentro de un directorio meta-inf, que se llama Manifest.mf. En este fichero se incluye la información que se necesita para que la máquina virtual de Java ejecute el programa.
Para ver cómo se usa el Manifest.mf, mirad esta página.
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/guide/jar/jar.htmlEspero que os sirva.
Un saludo.
Silverfox