Pues no se mucho de MySQL pero si sabes como hacerla con puro SQL creo que te será facil, imagino que ya te conectas al MySQL y toda la cosa desde el VB.Net, asi que solo te quedaria ejecutar Querys para realizar el respaldo, para que se ejecute cada cierto tiempo puedes usar tareas programadas de windows....
o un control timer en tu aplicacion....
Recomiendo lo de tarea programada.
