Hola,
Que yo sepa no. La función header() envía cabeceras a la ventana cliente, como por ejemplo tipo de documento, tabla de caracteres usada, idioma, etc...
Usá JavaScript:
<script>
window.close();
</script>
Eso va a intentar cerrar la ventana.
Si la ventana no se cierra después de haber descargado el archivo seguramente estás teniendo un error. Cuando invocás a una nueva ventana del explorador y le mandás las cabeceras de descarga de archivo la ventana se debería cerrar una vez que se muestra el cuadro de dialogo "Guardar Como"...
Espero que te sirva.
Saludos.
