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que tal... pues hablando de bases de datos relacionales y en terminos muy generales, una direfencias la podrias encontrar en el SQL (Lenguaje de consulta), ya que dependiendo del sistema de bases de datos que estés usando puede que te dé más o menos facilidades, o en algunas cosas podria cambiar la sintaxis, de hecho, de la sintaxis lo que si puedes estar seguro que no cambia es el estandar SQL, ya que cada sistema minimo debe cumplir con este estandar.
Ademas se pueden encontrar diferencias de seguridad, integridad, administracion en general, tiempos de respuesta y muchisimas direfencias más.

-rendimiento
-versatilidad
-interoperabilidad
-seguridad
-parametrizacion
-afinamiento
-soporte a nivel de carga de usuarios
-soporte a nivel de carga transaccional
-estabilidad
-eficiencia
-costo
-garantias
-soporte
-plataformas
-versiones
-actualizaciones
-paradigmas soportados ( entidad relacion, orientada a a objetos etc)
-objetos soportados ( tablas, vistas, funciones, procedimeintos, paquetes, triggers jobs etc)
-programacion de tareas
-genaracion de auditorias
-control del diccionario de datos
-complejidad y funcionalidad a nivel de integridad referecnial y de intergidad de informacion
-y mas..