Supongo que sabes como escribir en un archivo.
La cosa genericamente debe ser así:
Creas un archivo temporal donde le vas copiando linea a linea todo lo que quieras del archivo de texto original.
Cuando lleges a tu linea, escribes en el temporal lo que quieras escribir.
Sigues copiando y pegando desde el original al temporal hasta el final.
Borras el original y cambias el nombre del Temporal por el de Original.
