Hola.
Si desarrollas para sistemas basados en Windows CE (Windows Mobile 2003, aka Pocket PC 2003) puedes desarrollar con C++ nativo usando el Platform SDK, con el Microsoft eMbedded Visual C++ 4.0 (gratuito). También tienes a tu disposición cualquier lenguaje de la plataforma .NET, ya que incorpora el .NET Compact Framework, y puede ser desarrollado con Visual Studio 2003 y 2005.
Un saludo.
Ruben3d