SoloCodigo

Necesito q alguien me diga como modificar ficheros binarios utilizando otro fichero auxiliar.Es urgente,necesito saberlo,mi futuro depende de esto y nadie me ayuda .
Os esplico en q consiste mi problema.Esstoy haciendo un proyecto sobre una clinica medica,en la cual tengo q hacer una actualizaccion,gestion,consulta y listado de ficheros.
las consultas y listados es facily la gestion tengo algo de listas para realizarlo.
Mi problema esta en la parte de actualizacciones.se hacer las altas y las bajas,pero no tengo ni idea de hacre las modificaciones.
Para hacerlas tengo q pedir un numero al usuario,q es el numero del medico,el codigo del paciente o el numero de especialidad.luego tengo q verificar q existen en el fichero y despues pregunto si desean modificar algun apartado,si es asi se modifica.el problema viene cuando voy a guardar los cambios.
Yo uso 2 ficheros 1 q es el original llamado medicos.dat y otro q es el medicos2.dat
q acttua como auxiliar.el primero lo abro en modo lectura solo "rb" y el segundo en escritura "wb". pues no se q hago al grabar los registros de un fichero a otro q me genera un archivo "MEDICOS2.dat" de 4 gb .Os pongo el codigo q uso.

este es el codigo