Hola...
Si estas usando un .jar fijate en el manifest que apunte bien al main principal.
En caso tal que eso sea asi entonces haz un .bat con un path a la version de tu JDK de esta manera:
set path="C:\Archivos de programa\Java\jre1.5.0\bin"
Y te lanzas este comando mas abajo:
java -jar c:\nombreArchivo.jar
Yo lo hice y me funciona perfectamente (Pero tengo el .jar de la aplicacion).
Espero que sea de tu ayuda.
Suerte!