SoloCodigo

en primera podrias mencionar que es lo que necesitas modificar y en segunda sabes si de alguna manera tu empresa tiene acceso a los  archivos fuente del proyecto.. (lo dudo..) la situacion es la siguiente...

Para poder reestructurar  los archivos de manera queden  los directorios a tu gusto se complicaria un poco dado el hecho de que tendrias que modificar algunos archivos de configuracion como son el web.xml context.xml,etc entonces lo mas idoneo seria dejarlo como esta..

de ahi en fuera los jsp puedes modificarlos con libertad siempre y cuando sepas bien donde y por que lo modificaras dado que el jsp es una mezcla de codigos que despues se convierten a servlet entonces si tienes acceso al servidor y a los archivos en si puedes modificarlos, el problema mas grande podria ser si utiliza servlet, beans,clases,etc y necesitas modificar algunos metodos o cuestiones que se encuentren dentro de esos archivos, una de 2 tendrias que conseguir los fuentes o descompilarlos , modificarlos ,volverlos a compilar y despues pegarlos en la carpeta en que deben ir.

espero y te sirva de algo aunque no diste muchos datos y no se realmente que necesitas hacer...ok