Vale, ya encontre la forma de activarlos y desactivarlos según convenga en tiempo de ejecución.
Lo que hay que hacer es agregar un controlador de eventos para el item del menú que quieres activar o desactivar. Como tipo de mensaje hay que seleccionar ON_UPDATE_COMMAND_UI y el archivo donde quieres ponerlo. Con eso te creará el siguiente método, que en mi caso es:
void CsmpcacheView::OnUpdateInisimulacion(CCmdUI *pCmdUI)
{
pCmdUI->Enable(ItemIniSimulacion);
}
pCmdUI->Enable(ItemIniSimulacion) es lo que hace que se active o desactive el item del menú, donde ItemIniSimulacion es un atributo booleano de la clase que esta a FALSE en caso de quererlo desactivar y a TRUE si se quiere activar.
Espero que a alguien más le sea de utilidad.
Venga saludos, nos vemos.