SoloCodigo

Vamos a ver si alguien me puede ayudar. Tengo un archivo con numerosos documentos y el programa que quiero hacer es que me lea las palabras de esos documentos y las trate(cambie esa palabra por otra). El problema que tengo es que cuando tengo tantos documentos y tantas palabras me falta memoria o por lo menos me sale un error en la ejecucion. Me gustaria saber si alguien tiene alguna idea de como hacer que pueda leer una palabra, la trate y la escriba en otro archivo. Una solucion es declarar una variable global "char cadena[20]", pero asi no me funciona por lo de la memoria. Como estoy leyendo de un archivo de texto no se cuantos caracteres tiene cada palabra, y ahi me he quedado. El problema lo tengo al gestionar las palabras, por lo demas todo lo tengo hecho

Resulta que tengo un archivo llamado "stop_words.txt" que contiene una serie de palabras. El programa principal lo que hace es leer el contenido de otro archivo llamado "texto.txt", copiarlo a otro archivo llamado "salida.txt" pero que no contengan las palabras que hay en el archivo de palabras prohibidas("stop_words.txt"). Lo que pasa que al ejecutar el programa principal, no me da problema hasta que ha leido y guardado un numero considerable de palabras, es decir, al principio lo hace bien pero despues, dice que no puede abrir el archivo, habiendolo abierto antes muchisimas veces. La verdad es que no se por que pasa esto. Aqui os dejo la funcion por si os sirve de ayuda. Gracias

char cad[20]; // Variable global

// Devuelve un 1 si es stopwords y un 0 si no lo es
int es_stopwords(unsigned char cadena[20])
{
    FILE *stop; // Archivo con las palabras stopwords
    char auxiliar[20];
    char ch;
    int j = 0;
    char salto ='\n';

    // Se abre el archivo con todos los documentos en modo texto y de solo lectura
    if ((stop = fopen("c:\\docum\\stop_words.txt", "r")) == NULL)
    {
        fprintf(stderr, "No se puede abrir el archivo stop_words);
        getch();
        return 1;
    }

    inicializa(auxiliar);
    while (!feof(stop))
    {
         ch = getc(stop);
         if (ch != salto)
         {
            auxiliar[j]=ch;
            j++;
         }

         if (ch == salto || strcmp(cad,auxiliar) == 0)
         {
            if (strcmp(cad,auxiliar)== 0)
               return 1;
            else
            {
               inicializa(auxiliar);
               j=0;
            }
         }// Fin del if
         else if (ch == salto)
         {
            inicializa(auxiliar);
                j=0;
         } // Fin de else
    } // Final del archivo
    fclose(stop); // Se cierra el archivo con las stopwords
    return 0;
} // Fin de es_stopwords

// Inicializa la cadena auxliar
void inicializa(unsigned char cadena[20])
{
   //free(cad);
   //cadena=(char *) malloc (20*sizeof(char));

   for(int i=0;i<=20;i++)
      cadena='\0';
}// Fin de inicializacion