no conosco ningun protocolo de comunicacion para el puerto paralelo o para la transferencia de archivos, podiras hacer tu propio ptrotocolo basico, por decir:
1º que el programa se quede esperando un comando(codigo) al principio antes de enviar datos.
2º si recive el comando que envie un dato(un byte del archivo a trasferir)
3º depues puede espera a recivir una respuesta si el dato se envio satisfactoriamente.
y asi repertilo en un ciclo.