Hola, no se como podría hacerse fácilmente para diferenciar desde la propia página cuando se ha hecho clic en el e-mail o cuando se ha abierto directamente en el navegador.
Si el mail lo mandas en formato HTML quizá podrías hacer que el link en realidad lo que haga sea enviar un formulario a esa página que debe abrirse, y en el formulario le puedes pasar un valor oculto <input type="hidden" ... > que te servirá para validar que no se ha introducido la dirección directamente en el navegador.
No es que esta opción sea infalible pero pone las cosas un poco más difíciles a quien quiera abrirla sin hacer clic en el e-mail.
Salu2,
Avalon