Al final he conseguido acabar con las dichosas ventanitas, pongo aquí cómo por si a alguien le pasa alguna vez lo mismo:
Además de utilizar el ad-aware 6.0 que borra la mayoría de las cosas, hay que eliminar una entrada del registro que carga al inicio el programa wnsintit.exe, además es necesario borrar el programa wnsintit.exe que se encuentra en la carpeta System32.
Se me olvidaba, es probable que no se pueda borrar el archivo wnsintit.exe, en ese caso solo hay que ir al administrador de tareas y el la solapa de procesos localizar el wnsintit y finalizarlo, después se podrá borrar el archivo sin problemas.
Saludos.
