Yo he usado algo blender y a mi me parece un programa bastante bueno, aunque no he usado ninguno de ese tipo antes y uno de sus fallos a mi parecer es que van cambiando los menus y los commandos de teclas rapidas segun la version.
Lo mejor en este caso es que despues de hacer el modificador combiertas el objeto modificado en una malla antes de exportarla (o sea, la modificacion en una malla). En las versiones anteriores de blender se podia aunque ya no me acuerdo como. Pregunta en algun foro o busca en la ayuda del propio blender que vienen cosas interesantes como las teclas rapidas