Cuando implementas a tu pagina Java lo que haces es mandar la pagina con el applet que es un pequeño trozo de codigo que se ejecuta en el usuario no en el servidor, para seguridad necesitas un lenguaje que se ejecute en el seridor y luego mandes una pagina como resultado (sin codigo embebido). Este tipo de lenguajes son por ejemplo a lo que te refieres:
ASP (Active Server Pages), la cual se ejecuta en el servidor y el cliente no puede ver el codigo y si uno lo desea puede restringir el acceso del cliente, este puede trabajar con scripts como JScript (JavaScript) y VBScript (Visual Basic Script), los requisitos son que el servidor debe tener Windows NT, etc.
JSP (Java Server Pages), es la contrapuesta a ASP, pero a lo que escuche es la mejor opcion (recien lo aprender) ya que usa el lenguaje JAVA que es orientado a objetos y es muy poderoso, y con esto los scripts se quedarian atras, la unica dificultad es que con JSP no tienes tanto control sobre el Browser (gestionando ventanas) pero se puede solucionar incorporando Javascripts en el codigo HTML, como veras el tema da mucho que hablar, actualmente yo uso ASP y no tengo quejas es bastante bueno mis paginas son mas profesionales (bueno seran porque recien las voy a colgar al servidor).
Salu2
