El comando jar es de consola. Si bien vienen utilidades para proporcionar un uso mas transparente para un usuario principiante, no funcionan realmente bien. La sintaxis es simple, y su composicion requiere tanto los .class de las clases a ejecutar como asi tambien de un archivo extra de "manifiesto" en donde se declare la clase que contiene el main.
El archivo de manifiesto debe contener solo la linea:
Main-Class: Clasemain
Donde Clasemain es el nombre de la clase que contiene el metodo main, no del archivo. Es conveniente tener agrupados todos los .class necesarios en un directorio vacio, junto con el jar.exe y el archivo de manifiesto. Luego, crear el jar seria tan simple como decir:
jar cvfm mijar.jar manifiesto *.class
Donde "mijar" es el nombre del archivo que queremos y "manifiesto" es el archivo que contiene la especificacion de la clase main. Si queres mas informacion sobre los switches, ejecuta solamente "jar.exe" y obtendras una salida mas detallada de los mismos y algunos ejemplos.