Si estas usando el compilador de microsoft, el añadir el flag 'c' al modo de apertura deberia hacer que funcionara el fflush. (por ej, fopen("fich.txt","wbc")). Lo que pasa es que al tratarse del stdin no se como hacerlo. Puedes probar con _commit(stdin) o _commit(0), declarado en io.h.
Un saludo.
Ruben3d