Bueno, en primer lugar con las funciones fopen y fclose puedes manejar los ficheros. Una vez tengas abierto el fichero de entrada, te recomiendo que leas byte a byte(fgetc) y lo vayas poniendo en el array mediante 2 bucles. El codigo seria algo asi.
int ArraydeEnteros[100][120];
int i,j;
fopen("nombreficheroentrada","r"); //Abrir en modo lectura
for (i=0;i<100;i++)
for(j=0;j<120;j++)
ArraydeEnteros[j]=fgetc(fichEntrada);
Operaraciones_a_aplicar_al_array();
y ya luego de manera similar lo puedes meter al fichero de salida con fputc
Hay maneras mas rapidas de leer del fichero, pero creo q esta es la mas clara.
Suerte.
