Hola AYCUL.
Podrías establecer para los archivos attributos de sólo lectura y de ocultos (mejor), de todas formas eso no impediría en absoluto que alguien los borre, pero bueno, por lo menos lo pones un poco más difícil. De todas formas, la mejor solución puedes ser hablar con el usuario y poner las cosas claras, por que ante la mala leche las soluciones técnicas muchas veces no sirven de nada.
Suerte.