Si entendi bien, tu problema es que no se actualiza la imagen del grafico sino hasta el final, ¿cierto?, de ser asi, prueba poniendo la instruccion:
pause(0)
cada vez que el grafico se tenga que actualizar, por ejemplo, si estas en un ciclo while y el grafico lo despliegas con plot, pon el pause despues del plot (obviamente dentro del ciclo while), para forzar a que actualize la pantalla de graficos cada vez que estos cambien. El problema de esta operación, es que notaras un parpadeo en el grafico cada vez que este cambie.
Espero que esto te funcione, me avisas que paso...
Salu2