Buenas
La verdad es que lo primero que tienes que ver es en que partes tu programa parece ralentizarse. Así, sin otra información es difícil sugerir nada. Te podría decir que si usas muchas concatenaciones con String, cambies a StringBuffer o que si usas algún tipo de colección, uses la más simple que necesites. Pero si no especificas más,es un poco complicado dar consejos.
Saludos
n.