Hola Jevi. Pués en teoría colocando el directorio dentro de mysql/data/directorio deberías ver la base de datos. Acabo de probarlo y me sale la nueva base de datos en la lista.
A ver si hay suerte.
Salu2,
Avalon
Añadido: Perdona, no había leido bien tu pregunta, pensaba que tenías el problema con otra base de datos y no con la base de datos "mysql", aunque no debería ser lo mismo?. Voy a ver si descubro algo.