Mira, yo cuando lo lei crei que no dejabas espacio entre "md" y el directorio ingresado y crei q el problema venia por ahi, pero cuando vi bien de cerca que:
strcat(sysCommand, "md ") dejaste un espacio al final de md y antes de cerrar las comillas no entendi porque no te funcionaba entonces lo probe asi nomas sin ningun clase de cambio y la verdad es q el programa funciona bien.
No entiendo por que no te anda, salvo q lo estes ejecutando en un sistema operrativo distinto a WINDOWS donde no exista el comando de MS-DOS "md" (make directory).
Salu2!!!!!