Paso a explicar lo mejor posible
Cuando booteas con un CD de instalacion, estamos cargando un Sistema Operativo especialmente diseñado/preparado para instalar (basicamente en todos los unices es asi, aunque siempre hay alguna excepción).
Una vez que cargo el kernel y arranco el Sistema, deberias de montar la particion de tu disco en donde tienes instalado el GNU/Linux. Esto se puede hacer de la siguiente manera:
En tu caso deberias completar con tu info, el /dev/hda1 es la primera particion del disco MASTER que esta conectado a la IDE 1.
Un vez montada la particion con tu GNU/Linux, haces los siguiente:
Con esto estamos cambiando nuestro root (no el usuario root, sino que la raiz de nuetro FileSystem), generalmente cuando booteas con un CD el root FileSystem es uno que esta especialmente armado para instalar y nada mas, ahora nuestro root FileSystem es nuestra particion GNU/Linux.
Una vez logrado esto podemos correr Lilo.
Si todo salio como debia, ya tenemos Lilo instalado.
Tal vez deberias modificar el /etc/lilo.conf para poder bootear el Windows.
Espero te sirva y no haberme confundido en nada
Un Saludo