Yo sugiero lo siguiente, de acuerdo a lo que entendí de tu mensaje:
#!/bin/sh
[ -z "`diff arch1 arch2`" ]
if [ $? -eq 0 ]   
then
        echo "Los archivos no son diferentes"
else
        echo "los archivos son diferentes"
fi
De esta forma puedes validar si existe diferencias en ambos archivos. 
