Hola Zure:
Te adjunto un .zip con un programa en C que genera varios numeros aleatorios comprendidos entre 1 y 49. Los guarda en un vector y comprueba si hay alguno repetido. En caso afirmativo, genera uno nuevo.
(Realmente ahora que lo reviso, genera uno nuevo, pero no comprueba si existe entre los anteriores)
Creo que es lo que buscabas... aproximadamente.
Un saludo
Ismael:)