A que te refieres con, "me quedo sin espacio"? a que te quedas sin memoria en tiempo de ejecucion? Si este es tu problema, una solucion seria guardar cada cierta cantidad de memoria dinamica usada todo en un fichero , y trabajar leyendo y guardando en los ficheros la estructura dinamica. Puedes organizar los ficheros con claves para tener una referencia y no tener que cargar todo el archivo. Suerte;)