Hola:
¿Sabes exactamente cuántos elementos tiene cada línea y de que tipo son? En caso afirmativo, puedes seguir utilizando el fscanf, únicamente poniendo los datos relativos a todos los elementos que deseas leer en una unica orden:
fscanf(stream, "%i %i %i", &x1, &x2, &x3)
En caso de que desconozcas el número de elementos, deberás recurrir a alguna función de lectura que no desprecie el retorno de carro.
Saludos