puedes hacerlo con un bucle:
int a[5],mayor,maydos,menor,i;
(...)
printf(...)
scanf(...)
(...)
mayor=a[0];
maydos=a[0];
menor=a[0];
for(i =0;i<5;i++)
{
if(a
>mayor)
{maydos=mayor;
mayor=a;
}
if(a<menor)
menor=a
}
ahora si tienes 1000 numeros lo único que tendrás que cambiar es el array e 'i'.
Un saludo.
